1) имя_плагина.rc.php в нём указывается что подключать

Resources::linkFileFooter(Cot::$cfg['plugins_dir'] . '/имя_плагина/js/Active_Form_Elements.js'...

Как создать какой-то текст в виде ссылки на что-нибудь ?

function cot_rc_link($url, $text, $attrs = '')

пример использования :

$t->assign(array(
 ...

Самый простой способ создать свою тему для Cotonti  - взять уже существующую тему , переименовать её и начать её редактировать.

1) Темы хранятся в...