Странно, что ваши 100Ач  акб ведут себя хуже 9Ач.   Попробуйте во время перехода ИБП на АКБ измерять напряжение на массиве АКБ, но ближе к силовым разьёмам в ИБП. 

Может у вас провода некачественные от внешних АКБ к разьёмам в ИБП или контакт плохой -  не пропускают ток в полной мере - неконтакт ?  Проверьте подключение. 

( Вы сказали, что 100Ач АКБ в норме )